در این انیمیشن لاکپشتهای نینجا پس از سالها پنهان شدن از دنیای انسانها، حال تصمیم گرفتهاند قلب مردم نیویورک را به دست آورده تا به عنوان نوجوانانی عادی پذیرفته شوند. اما زمانی که با ارتشی از جهش یافتهها روبرو میشوند، همه چیز تغییر کرده و…
این انیمیشن در مورد گروهی از کاوشگران است که با کشتی در اقیانوس سفر میکنند. اما آنها به زودی به جزیره ترسناک جمجمه هدایت شده و با هیولاهای ماقبل تاریخ وحشتناک، موجودات عجیب و غریب و پادشاه جزیره، کونگ روبرو میشوند و…